發(fā)布時間:2019-12-04所屬分類:教育職稱論文瀏覽:1次
摘 要: 摘 要:結(jié)合近年來國家對教育教學(xué)領(lǐng)域要求進行創(chuàng)新改革時間的政策,從生物科學(xué)專業(yè)的現(xiàn)況與實際存在的問題等方面進行了探索,發(fā)現(xiàn)生物信息學(xué)的研究范圍囊括了生物化學(xué)、基因工程、遺傳學(xué)、進化生物學(xué)等大量的應(yīng)用性極強的學(xué)科,本文從生物信息學(xué)課程內(nèi)容與要
摘 要:結(jié)合近年來國家對教育教學(xué)領(lǐng)域要求進行創(chuàng)新改革時間的政策,從生物科學(xué)專業(yè)的現(xiàn)況與實際存在的問題等方面進行了探索,發(fā)現(xiàn)生物信息學(xué)的研究范圍囊括了生物化學(xué)、基因工程、遺傳學(xué)、進化生物學(xué)等大量的應(yīng)用性極強的學(xué)科,本文從生物信息學(xué)課程內(nèi)容與要求及現(xiàn)狀進行分析,為生物科學(xué)專業(yè)不斷前行指明了方向。
關(guān)鍵詞:生物信息學(xué);生物科學(xué);教學(xué)模式;創(chuàng)新改革
一 生物科學(xué)專業(yè)的現(xiàn)狀
21 世紀(jì)是生物學(xué)的世紀(jì),生物學(xué)在上世紀(jì) 90 年代開始突飛猛進,從人類全基因組的測定,到動植物基因組等各類基因組學(xué)的研究與發(fā)展都讓生物學(xué)在當(dāng)今社會中有著舉足輕重的地位,這個領(lǐng)域也成為目前許多 985 高校、科研單位產(chǎn)生大量的科研成果與培養(yǎng)高端人才的熱門領(lǐng)域。很多的高校也紛紛為生物科學(xué)級相關(guān)專業(yè)擴招,然而,相對于生物學(xué)和生物專業(yè)的熱門,生物科學(xué)畢業(yè)生的就業(yè)率卻很低 [1]。生物科學(xué)專業(yè)是一門融合了生物、化學(xué)等多學(xué)科融合的專業(yè) [2],對應(yīng)的就業(yè)面相對于其他專業(yè)應(yīng)該是更為廣泛的。然而,在實際情況中,大部分本科畢業(yè)生接觸到的實習(xí)單位以及招聘單位,通常為飼料場、小型制藥公司等技術(shù)含量較低的單位,工作環(huán)境和前景都不能滿足畢業(yè)生的要求,相反,生物學(xué)領(lǐng)域的各種生物科技技術(shù)公司的數(shù)量卻在不停的增長,并且大多數(shù)公司地點位于一線或二線城市,能夠提供的工作崗位也越來越多,這樣的情況與生物科學(xué)專業(yè)的就業(yè)率顯得格格不入。
二 生物信息學(xué)——曙光
生物信息學(xué)是一門交叉學(xué)科,包含了數(shù)學(xué)、計算機科學(xué)、信息統(tǒng)計學(xué)等實際應(yīng)用性極強的專業(yè),對已有的、正在研究的數(shù)據(jù)進行理論上的加工、處理、解釋、儲存等操作,進一步完善生物學(xué)體系。隨著各種基因組學(xué)的蓬勃發(fā)展,生物信息學(xué)的研究體系已經(jīng)越發(fā)的成熟,并積累了大量的科研數(shù)據(jù),是目前生物學(xué)領(lǐng)域種最為中堅的潮流。國際上一流的高校早已開始了生物信息學(xué)人才培養(yǎng),但是國內(nèi)大多數(shù)高校仍然無視生物信息學(xué)的發(fā)展,要么僅僅開設(shè)選修課,但多數(shù)沒有任何相關(guān)的培養(yǎng)方案。傳統(tǒng)的生物學(xué)使用各類實驗來解決和研究各種問題,自從 PCR 技術(shù)誕生以后,生物學(xué)家又可以通過獲取不同的基因之后,通過統(tǒng)計學(xué)、數(shù)學(xué)的手段來處理問題,但是自從基因組學(xué)的研究方式和手段在全球普及之后,生物學(xué)家已經(jīng)可以獲得全部的基因,并有成熟的數(shù)據(jù)庫來更新、維護這些基因數(shù)據(jù),所以 21 世紀(jì)的生物學(xué)應(yīng)該是全新的生物學(xué),新生物學(xué)的不同在于,應(yīng)該先基于這些數(shù)據(jù)從理論出發(fā),然后回到實驗驗證 [3]。生物信息學(xué)正是這樣的一個學(xué)科,在國家政策、科研單位等多方助力下,多種生物的基因組信息分別儲存字各大數(shù)據(jù)庫中,無數(shù)的研究方案與研究流程也在網(wǎng)上或文獻中分享出來,只要學(xué)會從這些信息源中提取出足夠的數(shù)據(jù),并進行分析、整理、比較,就可以高效的解決生物學(xué)問題、并避免了許多的不必要的重復(fù)。
三 生物信息學(xué)課程的內(nèi)容與要求
生物信息學(xué)主要涉及的是歲生物數(shù)據(jù)的收集、儲存、分析,然后利用得到的結(jié)果來解釋生物學(xué)現(xiàn)象,如預(yù)測蛋白結(jié)構(gòu)、組裝大量的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、比對超量的氨基酸、蛋白序列等。從該學(xué)科涉及到的內(nèi)容可以看出,生物信息學(xué)不是簡單的學(xué)科交叉,對于各個分屬的學(xué)科有著較高的要求 [4],要求教師在教學(xué)前需要有豐厚的知識和技能積累,才能在教學(xué)過程中保證教學(xué)質(zhì)量。
(一) 數(shù)學(xué)和統(tǒng)計學(xué)
國內(nèi)的生物科學(xué)專業(yè)在本科階段只要求必修一門高等數(shù)學(xué),但是對于生物信息學(xué)而言,高等數(shù)學(xué)和統(tǒng)計學(xué)甚至是離散數(shù)學(xué),對于生物信息學(xué)中的的數(shù)據(jù)處理都產(chǎn)生著重要的影響,在數(shù)據(jù)量過大的情況下,利用數(shù)據(jù)建模、統(tǒng)計數(shù)據(jù)中信息、數(shù)據(jù)挖掘、可視化等步驟中,數(shù)學(xué)中的很多知識都可以讓學(xué)生更好的理解其中的原理。
(二) 生物學(xué)基礎(chǔ)
生物信息學(xué)的研究范圍囊括了生物化學(xué)、基因工程、遺傳學(xué)、進化生物學(xué)等大量的應(yīng)用性極強的學(xué)科。這些學(xué)科是生物信息學(xué)最重要的基石,因為無論使用了什么樣的分析方法,都是緊緊圍繞著生物學(xué)中的各種現(xiàn)象和問題。要求教師和學(xué)生對于基因、蛋白質(zhì)序列都十分熟悉,相關(guān)的 SNP、微衛(wèi)星序列、編碼區(qū)域等概念也要十分熟悉。此外,對于國際上通用的數(shù)據(jù)庫如 NCBI、UCSC、EBI 等數(shù)據(jù)庫的使用方式和數(shù)據(jù)格式也要有相關(guān)的了解,能夠熟練的使用這些數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)。
(三) 計算機科學(xué)
生物信息學(xué)與傳統(tǒng)的生物學(xué)最打的區(qū)別在于,對于生物學(xué)問題,采用了計算機科學(xué)的方法來解決,因此,在生物信息學(xué)中,要求研究者在研究中熟練的使用計算機來處理大批量的數(shù)據(jù),包括檢索信息、收集數(shù)據(jù)、對數(shù)據(jù)進行分析、對分析結(jié)果進行可視化。所以,粗話了生物學(xué)知識,計算機的相關(guān)技能也要得到加強,如 Linux 系統(tǒng)的熟悉、python 和 perl 等編程語言的學(xué)習(xí)、常用的生物信息學(xué)軟件的使用。這樣的研究方法對于國內(nèi)大部分的生物學(xué)研究者都是一種全新的挑戰(zhàn),對于教授這門課的教師更是一種考驗。
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四 生物信息學(xué)課程的現(xiàn)狀
雖然國內(nèi)很多的高校都已經(jīng)開設(shè)了生物信息學(xué)課程或者相關(guān)的培訓(xùn)計劃,早期的課程大多數(shù)仍然是采用傳統(tǒng)的教學(xué)方式來進行教學(xué),即以理論課程為主,少量的實驗課程為輔,課程內(nèi)容以介紹為主,即只對生物學(xué)部分進行討論,對于計算機科學(xué)部分、數(shù)學(xué)部分則只進行簡單的介紹,并且選用的教材內(nèi)容老舊落后,內(nèi)容枯燥。經(jīng)過近年來諸多高校對于生物信息學(xué)課程的探索之后,開始加大生物信息學(xué)課程中的實踐操作部分,并從國外引進了諸多的優(yōu)秀教材,課程探索初期的窘?jīng)r已經(jīng)初步有了改觀,并且越來越多的生物信息學(xué)研究人員從科研崗位走入了教學(xué)工作,也有從生物信息分析公司合作到高校中,也已經(jīng)初步改善了教師資源緊張、教師專業(yè)能力較弱的缺點,越來越多的掌握生物信息學(xué)技能的畢業(yè)生走入社會,緩解了這一領(lǐng)域的人才短缺的現(xiàn)況。但是這樣的情況,仍然只是部分的高校解決了問題,還是有很多的高校的生物科學(xué)專業(yè)的畢業(yè)生仍然沒有很好的解決就業(yè)問題,這些高校普遍沒有重視生物信息學(xué),僅僅是開設(shè)了公開課或選秀課,或沒有開設(shè)任何相關(guān)的培養(yǎng)計劃或課程。所以,生物信息學(xué)在生物科學(xué)專業(yè)的推廣,以及生物信息學(xué)課程在國內(nèi)高校的普及應(yīng)該是首要問題,同時生物信息學(xué)課程的開設(shè)對于部分高校也存在門檻,此外還有一些難題橫亙于生物信息學(xué)在國內(nèi)發(fā)展的道路上。
(一) 生物信息學(xué)課程的推廣
雖然很多的高校已經(jīng)開設(shè)了專門的生物信息學(xué)課程,并且經(jīng)過探索,已經(jīng)取得了喜人的成績,但是還有很多的高校仍然處于探索的初期甚至還沒有認(rèn)識到轉(zhuǎn)型的必要性。教學(xué)模式單一、教師專業(yè)背景薄弱等原困擾著前人探索的腳步,也同時困住了當(dāng)下部分高校發(fā)展相關(guān)課程的步伐,甚至讓部分高校有心無力,從而使學(xué)生們沒有機會接觸到這樣的學(xué)科。所以,在進一步改革創(chuàng)新的同時,將生物信息學(xué)普及到所有的高校是十分鐘重要的。
(二) 在實踐方式上進行革新
一直以來限制著生物信息課程發(fā)展的主要原因之一就是,沒有足夠的實踐機會和實踐時間來達到該學(xué)科對技能實踐的要求。生物信息學(xué)是一門應(yīng)用性極強的學(xué)科,必須要有足夠的實踐才能保證熟練度,但是現(xiàn)行的生物信息學(xué)課程安排中,實踐部分則存在實踐內(nèi)容古老落后,實踐時間緊張等不足,因此實踐方式的革新迫在眉睫,并且只有合理的課程安排才能更好的促進學(xué)科推廣 [5]。
(三) 加強學(xué)科交流
生物信息學(xué)對于傳統(tǒng)的的生物學(xué)本身就是一個全新的挑戰(zhàn),其中的計算機科學(xué)和數(shù)學(xué)的部分 [6],不同于以往生物科學(xué)專業(yè)融合的化學(xué)、地理等學(xué)科,是兩個應(yīng)用性極強的工科學(xué)科,不能閉門造車一般的單獨學(xué)習(xí)生物信息學(xué),這樣會在學(xué)習(xí)過程中造成避重就輕的習(xí)慣,為日后的研究工作造成影響,需要系統(tǒng)、完善的進行學(xué)習(xí)研究。
五 結(jié)語
在生物學(xué)飛速發(fā)展的時代,生物信息學(xué)作為生物學(xué)在這個時代最先鋒的工具和載體,應(yīng)該被所有的生物學(xué)研究者或?qū)W習(xí)者熟練地掌握。在教學(xué)中結(jié)合行業(yè)發(fā)展的需求,及時更新教學(xué)內(nèi)容,合理安排教學(xué)順序,科學(xué)構(gòu)建生物信息學(xué)中數(shù)學(xué)、計算機科學(xué)、生物科學(xué)在教學(xué)中所占的比重,相關(guān)的成功經(jīng)驗應(yīng)該用于推廣該學(xué)科在全國高校中的實行,提高學(xué)生的專業(yè)水平和應(yīng)用能力。